В разные годы ветеринарную службу возглавляли Казаков А.А. (до 1969 года), Назаров Э.А. (1969 – 1980 годы), Гончаренко Н.Д. (заслуженный ветеринарный врач РСФСР, 1980 – 1995 годы), Абудькина Т.А. (главный государственный ветеринарный инспектор города Таганрога, к.с.х., 1995 – 2006 годы), Клименко О.В. (к.в.н., 2006-2013 годы).
На сегодняшний день Таганрогский филиал ГБУ РО «Ростовская облСББЖ с ПО» возглавляет Максим Александрович Гайда.
В состав Таганрогского филиала входят четыре лаборатории ВСЭ, Таганрогская межрайонная ветеринарная лаборатория, ветеринарный пункт и административный корпус. Всего в Таганрогском филиале трудится 61 человек.
Лаборатории ВСЭ обеспечивают безопасность сырья животного и растительного происхождения, реализуемого на рынках. Заведуют лабораториями ВСЭ Бабичев Олег Владимирович, Рыбинский Андрей Алексеевич, Бондаренко Анна Александровна и Сергиенко Валентина Викторовна.
Межрайонная ветеринарная лаборатория проводит бактериологические, паразитологические, и физико-химические исследования сырья и продукции животного и растительного происхождения, химико-токсикологические исследования кормов, паразитологические, морфологические исследования материала от мелких домашних животных. Возглавляет межрайонную ветеринарную лабораторию Головань Игорь Анатольевич.
В ветеринарном пункте проводится прием мелких домашних животных, осуществляются вакцинирование, чипирование, терапия, профилактика и хирургические манипуляции. Здесь же производится оформление и выдача ветеринарных сопроводительных документов. Ветеринарный врач-эпизоотолог Разумная Нина Петровна проводит профилактические и противоэпизоотические мероприятия против особо опасных болезней сельскохозяйственных животных и птиц. Кроме того, на ветеринарном пункте осуществляется контроль частных ветеринарных клиник города Таганрога по вакцинации плотоядных животных против бешенства. Заведует ветеринарным пунктом Ситников Андрей Николаевич.
Также в Таганрогском филиале работает 11 ветеринарных специалистов, обслуживающих подконтрольные филиалу предприятия. Ветеринарные врачи, закрепленные за предприятиями, проводят осмотр поступающего на предприятия сырья, контролируют выполнение ветеринарно-санитарных правил на всех этапах производства продукции и осуществляют оформление ветеринарно-сопроводительных документов на подконтрольные грузы.
Благодаря активной информационной работе, проводимой Главным ветеринарным врачом Таганрога с предпринимателями города, последние стали более ответственно подходить к соблюдению законодательства и ветеринарно-санитарных правил и требований. Количество договоров на обслуживание, заключенных с подконтрольными предприятиями с 2013 по 2014 год увеличилось втрое, с 82 до 212 договоров.
В 2014 году за высокие достижения и производственные показатели Таганрогский филиал был отмечен, как один из лучших филиалов в области, за что был удостоен сертификатом на автомобиль. Также директору Таганрогского филиала Мензараровой Виктории Викторовне был вручен диплом в номинации «Лучший директор филиала 2014 года».